Dla nauki... Ty potworze...
Chell, główna (niema) bohaterka gry, budzi się w motelowym pokoju i w zasadzie nie wie co się dzieje, dopóki do pokoju nie zaczyna się dobijać mały robot mówiący z brytyjskim akcentem. To Wheatley, nowa, niezbyt rozgarnięta postać. Okazuje się, że przez ostatnie kilkaset lat spaliśmy sobie wygodnie w komorze hibernacyjnej, a wokół nas ogromny kompleks badawczy Aperture Science rdzewiał i rozpadał się. Wheatley potrzebuje naszej pomocy – sam chce wydostać się z laboratorium, ale nie mając rąk i nóg musi polegać na naszych kończynach.
Laboratoria Aperture są w rozsypce, mechanizmy nie działają jak należy, wszystko wygląda, jakby lada moment miało się rozwalić. W takiej właśnie scenerii odnajdujemy salę z finału części pierwszej. Pomiędzy poskręcanymi, zardzewiałymi ruinami leży "trup" GLaDOS, zbuntowanej sztucznej inteligencji, która w części pierwszej zmuszała gracza do przechodzenia serii prób z wykorzystaniem przenośnego urządzenia portalowego. GLaDOS spoczywa sobie zupełnie niedziałająca na podłodze i mamy nadzieję, że to się nie zmieni. Oczywiście chwilę później przez przypadek uruchomiamy procedury naprawczych i nasza dawna nemezis ożywa na naszych oczach. Jest oczywiście odrobinkę zła za to, że ją "zamordowaliśmy". Postanawia jednak dać nam drugą szansę. Oczywiście dla dobra nauki.
Tak rozpoczyna się tryb dla jednego gracza, który zająć może do 10 godzin. Nie ma się co obawiać nudy - Portal 2 nie rozgrywa się tylko w chłodnych, konstruowanych przez GLaDOS salach do testów. Fabuła zabierze nas w różne zakamarki kompleksu badawczego Aperture, a nawet ujawni coś z przeszłości założyciela firmy, Cave’a Johnsona. Poznamy więc podstawy tak zwanej "polityki korporacyjnej" Aperture, przy okazji dowiadując się kilku rzeczy na temat samej GLaDOS. W tym aspekcie bliżej Portalowi 2 do pierwszego Half-Life'a i eksplorowania kolejnych części kompleksu podziemnej bazy Black Mesa.
