Joker: Widma to pewne kłopoty. Nie podoba mi się jego obecność na pokładzie. Możesz mnie nazwać paranoikiem.
Kaidan: Jesteś paranoikiem. Rada współfinansowała ten projekt. Ma prawo wysłać kogoś, kto bacznym okiem dogląda inwestycji.
Joker: To wersja oficjalna. Tylko idioci w takie wierzą.
Shepard: Nie wysyła się Widm na loty próbne.
Joker: Właśnie. Dzieje się tutaj o wiele więcej, niż mówi kapitan.

Joker domyślał się, że stanie się coś nieprzewidzianego. Czuł to w kościach i niestety miał rację. Pilot najnowszego statku kosmicznego Zjednoczonych Systemów Ludzkich, SSV Normandia, był jedną z wielu osób należących do załogi, które również posiadały większe pojęcie o pracy Widm. Wyspecjalizowane jednostki mające całkowitą swobodę działań i odpowiadające jedynie przed radą, to właśnie Widma. Do tej pory w ich szeregi wstępowali tylko członkowie obcej rasy, ale to się zmieni. Po wydarzeniach opowiedzianych w Mass Effect zmieni się cały kosmos.

W grze wcielamy się w postać komandora Sheparda, jednego z najlepszych żołnierzy Zjednoczonych Systemów Ludzkich. Poznajemy go w chwili, gdy zostaje przydzielony na SSV Normandia w celu „przeprowadzenia testu nowego statku”. Prawda okazuje się rzecz jasna znacznie ciekawsza. Udajemy się do ludzkiej koloni na planecie Eden Prime, aby zbadać najnowsze odkrycie tamtejszych geologów – artefakt z czasów Prothean. Protheanie to dawno wymarła rasa, której technologie wykorzystuje się w świecie ME do wielu procesów, w tym do podróży międzyplanetarnych. To właśnie protheańscy naukowcy odpowiadają za badania nad tytułowym efektem masy. Znalezisko może okazać się największym przełomem w historii rozwoju ludzkości. Zawarte w urządzeniu informacje mogą dotyczyć planów potężnej broni, nowego napędu międzygalaktycznego albo nawet wskazać drogę do obszerniejszego dziedzictwa Prothean. Wartość przesyłki jest więc przeogromna, nic dziwnego zatem, że misja Sheparda jest ściśle tajna i wspiera ją jedno z najlepszych Widm. Jeszcze przed dotarciem na planetę do Normandii dobiega sygnał SOS. Eden Prime zostało zaatakowane! Prosta misja transportowa zamienia się w akcję ratunkową. Komandor wraz z niewielkim oddziałem żołnierzy schodzi na ląd, aby sprawdzić, kto niemalże całkowicie zniszczył najspokojniejszą ludzką kolonię i co cennego zawiera odkopany artefakt. Shepard jeszcze nie wie, że właśnie tak zaczyna się najdłuższa przygoda w jego życiu, która doprowadzi do odwrócenia aktualnego porządku we wszechświecie.