Niewiele wiemy o samej fabule gry, a i udostępniona wersja nie zdradzała żadnych tajników, blokując dostęp do Story Mode. Ed Boon wyznał jakiś czas temu, że najnowsza produkcja NetherRealm Studios skupi się na opowiedzeniu „od nowa” wydarzeń z MK, MK II i MK3. Zamiast jednak być świadkami typowego dla współczesnej popkultury reboota (z pozdrowieniami dla próbujących wskrzeszenia RoboCopa i Nieśmiertelnego), na początku Mortal Kombat będziemy świadkami walki Raidena i Shao Kahna po wydarzeniach z Mortal Kombat: Armageddon – gdy ten drugi jest już gotów zadać śmiertelny cios, bóg burzy wysyła telepatyczną wiadomość do swojej przeszłej wersji, tym samym oświecając ją i zmieniając bieg wydarzeń.
Kampania dla pojedynczego gracza skupi się więc na wizjach Raidena i próbach ich zrozumienia, choć w międzyczasie gracze poznają też inne wątki. Boon zasugerował, że nastąpią kluczowe dla pierwszych gier zdarzenia, z Liu Kangiem wygrywającym turniej i pojawieniem się niektórych postaci na czele, ale możliwe są też pewne zawirowania i zupełnie nowy kierunek rozwoju historii. Nowi cybernetyczni ninja albo zgony niektórych z bohaterów? Nie jest to wykluczone.
